Khamenei menikah dengan Mansoureh Khojasteh Bagherzadeh pada pertengahan 1960-an. Mansoureh lahir pada 23 Mei 1947 dan berasal dari keluarga religius di Mashhad. Pernikahan mereka menghasilkan enam anak, empat putra dan dua putri yang sebagian besar dikenal mempunyai peranan penting dalam sosial atau politik internal Iran.